מדינת ישראל נחשבת למעצמת ייצוא לפרחים וצמחי תבלין, כ-90% מהתבלינים הגדלים בישראל מיוצאים למדינות בכל רחבי העולם, וכן "בורסת הפרחים" בהולנד מסתמכת בעיקר על ישראל כדי לספק את היצע הפרחים הגדול בעולם. גם השוק המקומי של הפרחים נפגע אנושות מהקורונה בעקבות המצב שנכפה עלינו, ובעצם נכפה על העולם כולו, בגינו בוטלו אירועים משפחתיים (חתונות, בריתות), אירועי חברה, חנויות פרחים נסגרו, מסעדות ובתי עסק אחרים לא פועלים או פועלים בהיקף נמוך. על כן נוצר מצב שאין דורש לפרחים בחממות.
כתוצאה מכך המקררים והחממות מלאים במיליוני פרחים, ללא דורש. בניגוד לענפי החקלאות האחרים המספקים מזון לאוכלוסייה, הרי שענף הפרחים מקביל לענף הבידור והפנאי, ונחשב ל"מותרות" ולכן הצרכן הישראלי לא קונה פרחים בתקופה זו. כל אלו, באים לידי ביטוי הן ביצוא והן בשוק המקומי. שני השווקים הללו, ספגו מכה קשה ביותר כתוצאה ממגפת הקורונה.
שוק הפרחים פרח ושגשג בשנים האחרונות, אך עם הגעת הקורונה הבורסה ההולנדית לפרחים נסגרה לחלוטין בין מרץ למאי, וגם בהולנד הושמדו מאות מיליוני פרחים. חודשיים אלו הספיקו לשתק את כל תעשיית הפרחים. הירידה הדרמטית ברכישת "מותרות" פוגעת בשוק הפרחים ראשונה. זאת לצד חיי המדף הקצרים של פרחים, הובילה להשמדה המונית של סחורה שנשארה ללא ביקוש. למרות חזרה הדרגתית של בורסת הפרחים בהולנד לתפקוד, הנזק שנגרם לתעשיית הפרחים הישראלית, נראית לחקלאים רבים כנקודת אל חזור, במיוחד אחרי הגל השני. במשרד החקלאות מציינים כי ענף הפרחים בישראל עבר בשל הקורונה את המשבר הגדול שידע מימיו.
שוק התבלינים ספג לא פחות, שכן מדינת ישראל היא יצואנית מובילה בעולם. כ-90% מכלל התבלינים הגדלים בישראל מיועדים ליצוא. סגירת השווקים העולמית, סגירת עסקים ומסעדות בכל העולם, כמו גם חיי המדף הקצרים לא אפשרו ייצוא של צמחי תבלין.
לטובת שני הענפים ענף הפרחים המקומי ולייצוא וענף התבלינים לייצוא יזם משרד החקלאות ופיתוח הכפר תוכנית סיוע בהיקף של 30 מיליון ₪ לחקלאים מענפים אלו אשר נפגעו עקב הקורונה. גודל המענק יחסי לחקלאי, ובהתאם להיקף הנזק. סיוע זה הוא בנוסף למענקי הסיוע הממשלתיים בשל משבר הקורונה.